Để minh oan cho ông bác Mori, Cônan đã bắt tay vào cuộc tìm ra những chứng cứ trong vụ giết người bí ẩn này.
Đuổi theo kẻ tấn công mình trong đêm khuya, ông Mori vô tình bị tình nghi giết người.
Cônan cùng Ran và ông bác Mori bị cuốn vào bí ẩn mang tên "Con tàu ma".
Cùng Cônan và các bạn lớp 1B phát hiện ra nhân vật bí ẩn xuất hiện giữa đêm khuya tại trường tiểu học Teitan.
Cônan cùng các bạn thám tử nhí lớp 1B lại vướng vào những bí ẩn khác trong trường học.
Cuối cùng, thám tử nhí Cônan đã tìm ra chân tướng sự việc và thủ phạm đã giết cô giáo dạy nấu ăn.
Thám tử nhí Cônan cuối cùng cũng đã tìm ra hung khí giết cô giáo dạy nấu ăn.
Tại lớp học nấu ăn của Ran, Cônan và ông Mori đã chứng kiến vụ ám sát bằng nọc độc của ong. Nạn nhân không ai khác chính là cô giáo.
Theo Ran và "ông bác" Mori đến một lớp dạy nấu ăn, Conan lại "vướng" vào một vụ án ly kỳ mới.
Mặc dù kẻ sát nhân đã tạo bằng chứng hoàn hảo cho mình, Conan vẫn tìm ra sơ hở và vạch mặt hắn.