Nguyên nhân dẫn đến thảm kịch của tàu ngầm Indonesia có thể là do đã xảy lỗi trong quá trình vận hành hoặc thậm chí là sai lầm nghiêm trọng trong công tác bảo dưỡng tại cảng.
Theo chỉ huy Hải quân Indonesia, tàu ngầm KRI Nanggala 402 cùng 53 thành viên thủy thủ đoàn có thể đã từ từ bị phá hoại bởi áp lực nước.